Дейността, числеността, структурата и организацията на работата на Националния институт за помирение и арбитраж се уреждат с Правилник за устройството и дейността на Националния институт за помирение и арбитраж, издаден от министъра на труда и социалната политика, в сила от 23.07.2022 г. Обн. ДВ. бр.58 от 23 Юли 2022г., изм. и доп. ДВ. бр.88 от 21 Октомври 2025г.
Правилникът за устройството и дейността на Националния институт за помирение и арбитраж се утвърждава от министъра на труда и социалната политика.
Институтът е организиран в една дирекция. Общата численост на персонала на института се определя с постановление на Министерския съвет по предложение на министъра на труда и социалната политика.