Дейността, числеността, структурата и организацията на работата на Националния институт за помирение и арбитраж се уреждат с Правилник за устройството и дейността на Националния институт за помирение и арбитраж, Обн. ДВ. бр.35 от 16 Април 2003г., изм. ДВ. бр.29 от 5 Април 2005г., изм. ДВ. бр.20 от 12 Март 2010г., изм. и доп. ДВ. бр.29 от 10 Април 2012г., изм. ДВ. бр.59 от 3 Август 2012г., изм. и доп. ДВ. бр.95 от 1 Ноември 2013г., Посл. изм. ДВ. бр.39 от 9 Май 2014г. 
Правилникът за устройството и дейността на Националния институт за помирение и арбитраж се утвърждава от министъра на труда и социалната политика.
Институтът е организиран в една дирекция. Общата численост на персонала на института се определя с постановление на Министерския съвет по предложение на министъра на труда и социалната политика.